Η ψυχοδυναμική ψυχοθεραπεία θεωρήθηκε στο παρελθόν ως θεραπεία εκλογής στον αυτισμό. Σήμερα είναι αποδεκτό ότι τα κύρια σημεία του αυτισμού δεν ανταποκρίνονται στη μέθοδο αυτή. Ωστόσο, τα παιδιά με αυτισμό υψηλής λειτουργικότητας μπορεί να ωφεληθούν από ατομική, ομαδική ή οικογενειακή ψυχοθεραπεία, όταν συνυπάρχουν άλλες ψυχιατρικές καταστάσεις ή συμπτώματα όπως άγχος, κατάθλιψη ή έντονη ψυχαναγκαστική-καταναγκαστική συμπεριφορά. Τα παιδιά αυτά είναι πιθανό να παρουσιάσουν έντονη δυσανεξία όταν αντιληφθούν ότι διαφέρουν από τους υπόλοιπους.
Η μη δομημένη ψυχοθεραπεία δε βοηθά όπως θα προσδοκούσαν πολλοί, αλλά μερικά παιδιά με ικανοποιητικό επίπεδο λόγου, μπορεί να ωφεληθούν με τη χρήση συγκεκριμένων οδηγιών. Η εφαρμογή υποστηρικτικών και δομημένων θεραπευτικών διαδικασιών, όπως η γνωστική-συμπεριφορά ψυχοθεραπεία, είναι αποτελεσματική σε περιπτώσεις κατάθλιψης. Αυστηρά δομημένη κατευθυντήρα ψυχοθεραπεία, που εστιάζεται στην κατανόηση των βασικών δυσκολιών και τεχνικές εκπαίδευσης στην επίλυση κοινωνικών προβλημάτων. Η ψυχοθεραπεία των γονέων αποβλέπει στο να λύσουν, κατά αρχήν, τα προσωπικά τους προβλήματα (ενοχές, απόρριψη, μίσος, τάσεις διάλυσης οικογένειας και άλλα), για να μπορέσουν στη συνέχεια να βοηθήσουν το παιδί τους.
Σκοπός του θεραπευτή, σε αυτές τις περιπτώσεις, είναι να τους βοηθήσει να αποδεχτούν τον εαυτό τους, τονίζοντας τις ικανότητες τους και τη προσφορά τους. Τα τελευταία χρόνια η εκπαίδευση στην αυτογνωσία είναι σημαντική στη θεραπευτική προσέγγιση των παιδιών με αυτισμό. Σε κάθε περίπτωση, η εφαρμογή ψυχοθεραπείας προϋποθέτει προσεκτική αξιολόγηση των δυνατοτήτων και δυσκολιών και συγκεκριμένες ενδείξεις ότι το παιδί θα ωφεληθεί (Σταμάτης1987, Schopler 1995, Μπεζεβέγκης 1997, Παπαγεωργίου 2005)